Много воды утекло с момента как Тсунаде стала Пятым Хокаге. Да и теперь она и не Хокаге вовсе: её место по праву занял Узумаки Наруто- казалось, он никогда не добьётся столь высокого звания, ан нет, он теперь глава Конохи, его наконец-то приняли и зауважали. Итак, вот начало нашей истории:
Проходит без малого 20 лет с момента действий манги "Наруто".
Саске основывает свою деревню под названием 虹 [にじ] Nidzi (яп. Радуга) и, естественно, срановится главой деревни - Нидзикаге. Он набирает учеников и сторонников, обучает их искусству ниндзя и надеется, что когда-нибудь он разрушит столько далёкую и ненавистную Коноху.
Наруто, как уже отмечалось ранее, стал Хокаге. Это подарило ему не только уважение со стороны жителей деревни, но и долгожданную взаимность Сакуры. Теперь Наруто имеет своих детей и совершенно счастлив.
Сакура сдала экзамен и стала джоунином. Также она стала отличной хозяйкой дома и заботливой матерью.
Хината с ужасом понимает, что её любовь к Наруто никогда не была взаимной, даже наоборот: он ненавидит её. Шальная мысль о самоубийствие была ошибочной, и Хината решает покинуть деревню, не сказав об этом никому. Она долго скитается по пяти великим странам, пока однажды не встречает Саске. Он с радостью принимает её у себя и вскоре понимает, что влюблён. Впервые в жизни. Он делает Хинате предложение, и она, к его удивлению, сразу же соглашается. Вскоре у них тоже появляются дети.
Остальные герои аниме/манги также становятся счастливыми родителями, но не забывают о своих целях и мечтах. Члены "Акацуки" всё также пытаются захватить джинчуурики, но уже населённых в детях наших шиноби.
Коноха заключает союз в Суной, Ото приходит в забвение, хоть там всё ещё проводит опыты сменивший Орочимару Кабуто. Кири, Ива и остальные деревни живут своей жизнью, не желая воевать или заключать союзы, предпочитая сохранять нейтралитет.
Игра начинается с того, что Хокаге пишет письмо в Нидзи, желая провести переговоры с главой деревни. Саске, не подозревая, что Наруто стал Хокаге, принимает предложение и ждёт Узумаки в Нидзи...